為了探究生物過程的分子機制，有必要確定介導該過程的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。研究蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用的主要技術總結如下：

1. 酵母雙雜交系統(tǒng)

酵母雙雜交系統(tǒng)是廣泛應用于蛋白質(zhì)相互作用組學研究的重要方法。其原理是，當目標蛋白和誘餌蛋白特異性結合時，誘餌蛋白與報告基因的啟動子結合，啟動報告基因在酵母細胞中的表達。如果檢測到報告基因的表達產(chǎn)物，則說明兩者之間存在相互作用。效應，否則兩者之間不存在交互作用。該技術可用于微定量和陣列后的大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用研究。在實際工作中，根據(jù)需要又開發(fā)出了一混合系統(tǒng)、三混合系統(tǒng)和反混合系統(tǒng)。安格邁爾等人。設計了 SOS 蛋白介導的雙雜交系統(tǒng)。可以研究膜蛋白的功能，豐富了酵母二雜交系統(tǒng)的功能。此外，酵母二雜交系統(tǒng)的作用也已擴展到蛋白質(zhì)的鑒定。

2. 噬菌體展示技術

單克隆抗體的 DNA 序列與編碼噬菌體外殼蛋白的基因相連。當噬菌體生長時，相應的單克隆抗體在表面表達，然后噬菌體通過柱。如果柱中含有目標蛋白，它將特異于相應的抗體。結合起來，這稱為噬菌體展示技術。這項技術也主要用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用。它不僅具有高通量、簡單的特點，還具有直接獲取基因、高選擇性篩選復雜混合物、通過篩選過程中適當改變條件直接評價相互作用等優(yōu)點。結合的特異性。目前，利用優(yōu)化的噬菌體展示技術，展示了人和小鼠兩種特殊細胞系的cDNA文庫，分離出了人上皮生長因子信號通路中的信號分子。

3. 等離子共振技術

表面等離子共振（SPR）已成為蛋白質(zhì)相互作用研究的新方法。其原理是利用納米級薄膜吸附“餌料蛋白"。當待測蛋白與誘餌蛋白結合時，薄膜的共振特性會發(fā)生變化，通過檢測即可得知兩種蛋白的結合情況。 SPR技術的優(yōu)點是不需要標記或染料，并且可以實時監(jiān)控反應過程。該檢測快速、安全，還可用于檢測蛋白質(zhì)-核酸和其他生物大分子的相互作用。

4. 熒光能量轉移技術

熒光共振能量轉移（FRET）廣泛用于研究分子間距離及其相互作用；與熒光顯微鏡相結合，可以定量獲得生物體中蛋白質(zhì)、脂質(zhì)、DNA和RNA的時空信息。隨著綠色熒光蛋白（GFP）的發(fā)展，F(xiàn)RET熒光顯微鏡有潛力實時測量活細胞中分子的動態(tài)特性。提出了一種定量測量 FRET 效率和供體與受體之間距離的簡單方法，僅使用一組濾光片并測量比率，利用供體和受體的發(fā)射光譜來消除光譜串擾。該方法簡單快速，可以實時定量測量FRET效率和供受體距離，特別是對于基于 GFP 的供體-受體對。

5. 抗體和蛋白芯片技術

蛋白質(zhì)芯片技術的出現(xiàn)給蛋白質(zhì)組學研究帶來了新的思路。蛋白質(zhì)組學研究的主要內(nèi)容之一是研究不同生理狀態(tài)下蛋白質(zhì)水平的數(shù)量變化。小型化、集成化、高通量的抗體芯片是一個非常好的研究工具，也是芯片中發(fā)展最快的芯片。而且技術已經(jīng)越來越成熟。其中一些抗體芯片已經(jīng)開發(fā)用于臨床應用，例如腫瘤標志物抗體芯片，還有許多已經(jīng)應用于各個領域。

6. 免疫共沉淀技術

免疫共沉淀是主要用于研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)相互作用的技術。金黃色葡萄球菌蛋白A（SPA），如果細胞內(nèi)有靶蛋白與目的蛋白結合，就可以形成這樣的復合物：“靶蛋白-目的蛋白-抗目的蛋白抗體-SPA\|Pansobin" "，由于 SPA\|Pansobin 相對較大，因此在離心過程中復合物被分離出來。通過變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離復合物的四種成分。然后，通過Western blotting方法，使用抗體檢測目標蛋白是什么以及是否是預測蛋白。該方法獲得的目的蛋白與細胞內(nèi)的目的蛋白自然結合，符合體內(nèi)實際情況，獲得的蛋白可靠性高。但這種方法有兩個缺點：一是兩種蛋白質(zhì)的結合可能不是直接的，而是有第三方充當中間的橋梁；二是實驗前必須對目標蛋白進行預測，以選擇最終的檢測抗體，因此如果預測不正確，實驗就不會得出結果，而且方法本身也存在風險。

7、Pull-down技術

蛋白質(zhì)相互作用有兩種類型：牢固相互作用和瞬時相互作用。強相互作用在多亞基蛋白質(zhì)復合物中很常見，最好通過免疫共沉淀 (Co-IP)、Pull-down 技術或 Far-western 方法進行研究。 Pull-down 技術使用固定的、標記的誘餌或標簽蛋白（生物素、PolyHis 或 GST）從細胞裂解物中撈出相互作用的蛋白質(zhì)。 Pull-down技術可以確定已知蛋白質(zhì)與提取的蛋白質(zhì)或純化的相關蛋白質(zhì)之間的相互作用，并從體外途徑或翻譯系統(tǒng)檢測蛋白質(zhì)相互作用。