SNP Pol DNA 聚合酶用于簡單、可靠和快速的等位基因特異性區(qū)分，例如。CRISPR / Cas9 點突變，用于檢測不正確的 CRISPR / Cas9 產(chǎn)物，或驗證測序結果。SNP Pol DNA 聚合酶可區(qū)分高度特異性，無論是否存在引物-模板-復合物的不匹配。錯配（點突變）必須在引物的 3 ' 端。因此，突變等位基因可以與野生型等位基因精確區(qū)分 - 無需測序，因為聚合酶在錯配的情況下根本不擴增。

只需將引物放在假定的點突變上（重要提示：點突變必須在 3 '端），聚合酶就會以幾乎 100% 的準確率檢測到該區(qū)域的錯配：如果與引物的 3' 端互補的模板堿基顯示突變，而引物沒有，則不會發(fā)生擴增 - 在短時間內 100% 確定！
因此，SNP Pol DNA 聚合酶可以輕松、省時且經(jīng)濟高效地用于篩選點突變。

變體 SNP PolTaq DNA 聚合酶 > 具有 5'-3'核酸酶活性，因此可用于特異性水解探針，如 Taqman® 探針或分子信標。

描述

SNP Pol DNA 聚合酶是一種高選擇性 DNA 聚合酶，用于檢測 S單核苷酸 P卵形性。它是專門為等位基因特異性鑒別而開發(fā)的，其中需要非常高的鑒別率，例如，在等位基因特異性 PCR （ASA;AS-PCR）、等位基因特異性引物延伸 （AS-PEX）、SNP 分析、基因分型或甲基化特異性 PCR （MSP）。許多其他 DNA 聚合酶可耐受錯配的引物-模板復合物，因此不適合。另一方面，SNP Pol DNA 聚合酶可以特異性地區(qū)分這些（高鑒別性），并且只提供具有匹配引物對的 PCR 產(chǎn)物！Genaxxon SNP Pol 和 SNP PolTaq DNA 聚合酶通過兩個等位基因之間的等位基因特異性 PCR 相差高達 100%，并且在簡單的 qPCR 之后，給出了存在哪個等位基因的明確結果。因此，CRISPR/Cas9 技術的巨大潛力可用于人類醫(yī)學和植物生物技術，尤其是與 SNP PolTaq 或 SNP Pol DNA 聚合酶一起使用。

等位基因特異性 PCR 可用于量化野生型序列池或背景中的突變率。NGS 確定的突變頻率的驗證也可以通過等位基因特異性 PCR 和 SNP Pol DNA 聚合酶進行驗證。SNP PolTaq DNA 聚合酶非常適合液體活檢樣品的分析。使用 SNP PolTaq，可以很好地分析和量化癌癥突變的存在和頻率。

下圖：應用資料 SNP Pol DNA 聚合酶

我們建議使用較短的擴增子長度（約 60-200 bp）以獲得最佳結果，但也建議使用較長的擴增子長度。如果擴增子較長 >500 bp），則可能需要添加額外的鎂 （+0.5 - 1.5 mM）。

故障排除：
PCR 30 個循環(huán)后沒有條帶！
缺失或弱條帶的優(yōu)化程序。

退火溫度過低！

注意力： SNP Pol 是一種適配體抑制的 DNA 聚合酶。使用的適配體寡核苷酸在 <55°C 的溫度下可逆地抑制聚合酶！因此，引物的理想退火溫度應為 >57°C。

- real-time PCR 方法
- 檢查 dNTP 濃度。這應該在 200 到 300 μM 之間（在 PCR 中）。
- 增加循環(huán)次數(shù)（至少 35 次，最好等于 40 次）

測試優(yōu)化 - 循環(huán)
次數(shù) 在終點檢測中，30 個循環(huán)計數(shù)并不總是足以生成清晰可見的波段。例如，以少于 200 個 DNA 拷貝為起始值。因此，應使用實時 PCR 進行檢測，或者應使用五個平行 PCR，其中一個在五個不同循環(huán)后從 PCR 設備中取出（示例如下）。

終點檢測：
使用 SNP Pol DNA 聚合酶平行構建 5 個相同的 PCR 反應。 在 20、25、30、35 和 40 個循環(huán)中分別從循環(huán)儀中取出一個 PCR 管，并在最后將所有五個反應應用于瓊脂糖凝膠。 這使得很容易識別 PCR 中給定應用（起始材料、靶標、引物）的最佳循環(huán)數(shù)。

含細胞裂解物
的 SNP Pol PCR 動物細胞和大腸桿菌可直接用于 SNP Pol DNA 聚合酶的 PCR！無需單獨裂解或蛋白酶 K 消化。

PCR 程序：

1. 每個 PCR 批次需要 50 - 500 個細胞！
2. 制備帶有引物和緩沖液的 PCR 混合物，并置于冰上！
3. 將挑選的菌落直接加入 10-20 μL 水中（無需單獨裂解，無需蛋白酶 K 消化）， 短暫渦旋（5 秒），然后將該細胞懸液直接添加到 PCR 反應混合物中，例如 10 μL 細胞懸液，用于 PCR 制備，總體積為 20 μL。2-3 分鐘的初始變性時間就足夠了 足夠，必要時可延長至 5 分鐘。
每個反應最多 100 個拷貝的基因組 DNA 相對較低，但應該仍然有效。 該細胞懸液的其余部分也可以冷凍掉，以便進行進一步的測試。

可選：
4。如果可能：進行實時熒光定量 PCR！

SNP Pol DNA 聚合酶（M3009 > 或 M3061 >）可與非特異性熒光染料（例如 Genaxxon 的 Green DNA 染料 > 或 SybrGreen®）一起用于實時 PCR。當使用特異性 PCR 探針時，只能使用 SNP PolTaq DNA 聚合酶，因為只有這些探針具有 5'-3'核酸外切酶活性。

使用我們的高質量 dNTP（> Set （M3015.4100） 或混合 （M3016.1010） > 或我們的 DNALadders > 和我們有利的標準瓊脂糖 （M3044） >我們可以為您的 PCR 提供額外的產(chǎn)品。

SNP Pol DNA 和 SNP Pol DNA 聚合酶
的應用領域 - 點突變的監(jiān)測、驗證和檢測
- 鑒定正確或錯誤的 CRISPR/Cas9 產(chǎn)品
- 測序結果
的驗證/確認 - 突變的定量（例如 NGS 結果）
- 通過等位基因特異性擴增 （ASA） / 等位基因特異性 PCR
進行 SNP 檢測- 亞硫酸氫鹽處理 DNA 后的甲基化特異性 PCR （MSP）（CpG 甲基化側）
- HLA 基因分型
- 微測序
- 使用水解探針進行實時 PCR
- 實時多重 PCR